自治州内金银矿有阿克陶县布伦口乡卡勒玛铜矿以伴生物存在的金矿，原矿含金2克／吨，粗铜可达到77克／吨，乌瓦黄铁矿的细粒黄铁矿含金量达31.96％。砂金矿点有3个，一在克孜勒苏河一级电站附近，一在阿克陶县奥依塔克支沟—阿克吐孜沟，一在阿克陶县木吉乡吉干大沟。以上3个金矿点主要分布在现代河床和1～3级阶地中，库斯拉甫乡段的叶尔羌河中也是主要砂金矿点。一般含量甚低，叶尔羌河平均每砂样中5～8粒砂金，其直径0.4～0.6毫米。
州内未见单独的银矿床，主要以伴生元素存在于铜矿、铅锌矿以及黄铁矿中。矿床含银量5～10克／吨，以工业品位150克／吨来衡量，均达不到工业要求
二、其它有色金属
州内其它有色金属种类多，据初步查明的有钴、钼、铍、锶、铌钽等，其中形成工业规模的有铍、锶等。
硫酸锶矿(天青石)
主要分布在乌恰县的乌拉根铅锌矿区内。这里本是铅锌矿，属中型，在围岩中夹有大量天青石伴生矿体。主要矿体有16个，矿带总长1243米，厚0.2～1.6米，深约100米。矿物中氧化锶最高达37.24％，最低30％，平均品位33％。钙和钡的含量均未超过工业标准。矿区锶金属工业储量为1.478万吨，天青石矿石储量3.25万吨。另在毗邻的帕恰布拉克也有天青石矿，属沉积型中型天青石矿床。矿体总长度200米，平均厚度2米，宽度40米。化验结果氧化锶53.43％。
钼矿
以伴生元素存在于硫化物矿床中，以卡兰古托克拉克矿床中较富，一般含量0.035％，最高达0.05％，金属含量1 468.95吨。作为单独钼矿点在霍什布拉克矿西侧，为辉钼矿，呈浸染状产于辉石矽卡岩中，在25米宽，220米长的地段有6个厚0.2～1.5的矿石矽卡岩透镜体，主要为辉钼矿。
铍矿
地处阿克陶县肖尔布伦，位于县城西南，矿体长42.5米，宽2.8～8米。主要矿物有绿柱石、锂辉石、铌钽铁矿。氧化铍平均含量0.12％，氧化铍储量1.2吨，可供小型人工开采。
锂矿
霍什塔什锂辉矿位于阿克陶县偏西南方向，交通方便，有公路可达矿区。矿脉有2个矿带，地质储量为99.6万吨。此处埋深不大，可以露天开采。
硝尔库勒湖锂矿
位于阿图什市哈拉峻乡，产于硝尔库勒湖的湖盐矿床中，锂与氧化纳伴生，含量在0.05～4％，最高达5.94％，为化学沉积。
铌钽矿
铌钽矿共有3处矿点，一是霍什布拉克矿化点，位于阿图什市哈拉峻乡霍什布拉克泉水附近，矿物主要是锆石、钍石、独居石、铌钽铁矿。锆石和钍石含量大于1克／立方米，少数可达9克／立方米。含氧化铌0.01％，氧化钽0.05％，镱0.03～0.05％。
巴什苏洪铌锂矿点，位于阿图什市哈拉峻乡巴什苏洪(又称上苏洪)附近，共有8个矿点，平均铌含量0.313％，钽含量0.0042％。